Knjižnični fond organiziran je u nekoliko zbirki:
Zbirka monografija
Zbirka kataloga izložbi
Zbirka časopisa
Zbirka referentne građe
Zbirka rare (stare i rijetke građe)
Zbirka sive literature (telefonski imenici, zapisnici, dnevnici, izvještaji, pravila i sl.)
Zbirka sitnog tiska
Zbirka novina i novinskih isječaka.
S obzirom na karakter Muzeja veliki dio građe tematski je vezan za Zagreb i pripada zasebnoj zavičajnoj zbirci – Zagrabiensia.
Građa se nabavlja zamjenom s muzejskim i srodnim ustanovama u Hrvatskoj i inozemstvu, vlastitom kupnjom te darovima. Nabavna politika usmjerena je prema građi iz područja opće nacionalne povijesti, povijesti kulture, povijesti umjetnosti i umjetničkog obrta, stručnoj muzeološkoj literaturi, a najveći značaj imaju djela kojima je predmet grad Zagreb.
Radno vrijeme za vanjske korisnike: utorkom i četvrtkom od 10 do 12 sati. Građu je moguće koristiti jedino u prostorima čitaonice. Zbog pripremanja građe, najave posjeta i upite najbolje je prethodno poslati na e-mail adresu: mbusic@mgz.hr